Iniciou o seu funcionamento no ano lectivo de 1982/83, ainda como secção da Escola Preparatória da Maia.

As aulas tiveram início em 16 de Novembro, nas instalações da Escola Príncipe da Beira. Para o efeito, foram instaladas, nos terrenos desta, salas pré- fabricadas.

Nesse primeiro ano (82/83) a escola foi frequentada só por alunos do 5º ano de escolaridade, na sua maioria residentes nas freguesias de Gueifães e Milheirós.

Eram então 218 alunos, 22 professores e 14 funcionários.

Em 1 de Outubro de 1983 é publicada a Portaria nº 907/83 que cria a Escola Preparatória de Gueifães.

Nesse ano lectivo (83/84), a Escola Preparatória de Gueifães foi frequentada por 524 alunos, distribuídos pelos 5º, 6º e 7º anos de escolaridade.

As salas começaram a ser poucas para o número de alunos; as condições em que se processava o ensino/aprendizagem eram muito más.

Em 23 de Julho de 1985, com a publicação da Portaria 497/85, é criada a escola C+S de Gueifães, que funciona, em 85/86, pela última vez, nas instalações já referidas.

Nesse ano lectivo frequentaram a Escola 618 alunos do 5º, 6º e 7º anos.

A situação era, então, de total ruptura. Por isso, dá-se início à construção das actuais instalações, que só foram dadas como prontas em 21 de Novembro de 1986; por esse motivo, em 86/87, as aulas só começaram em 2 de Dezembro, uma 3ª feira.

Estrearam as novas instalações cerca de 750 alunos distribuídos por 26 turmas do 5º, 6º, 7º e 8º anos.

E logo nesse ano, face ao crescimento do número de alunos, foi decidido ampliar a Escola com a construção de mais um pavilhão com 7 salas, de modo a ficar a ficar com as actuais 24.

No ano lectivo de 1992/93 passam a frequentar a Escola C+S de Nogueira os alunos do 5º ano residentes numa parte da freguesia de Milheirós.

Esta medida permitiu a redução significativa do número de alunos nos anos lectivos seguintes ou, pelo menos, obstou a que se atingisse, de imediato, a situação de ruptura.

No entanto, com as exigências da Reforma Curricular e com o aumento da escolaridade obrigatória para nove anos, depressa se atingiu novamente o máximo da capacidade da escola.

No ano lectivo 1996/97 a Escola tinha cerca de 810 alunos distribuídos por 34 turmas.

A designação da Escola altera-se em 2001, passando a denominar-se Escola Básica do 2º e 3º ciclos de Gueifães (EB 2,3 de Gueifães).

No ano lectivo 2003/04 funde-se ao Agrupamento Horizontal de Escolas de Gueifães (Pré-escolar e 1º ciclo), constituindo o actual Agrupamento Vertical de Escolas de Gueifães.

Neste ano lectivo de 2011/2012 frequentam a Escola 741 alunos.

A capacidade da Escola torna-se, a breve prazo, insuficiente para acolher todos os alunos que frequentam actualmente as escolas deste Agrupamento.